Sei que minha resposta chegou um pouco atrasada, mas recentemente comecei a usar as conversas do Thunderbird e enfrentei o mesmo problema.
Eu resolvi o problema procurando uma maneira de alternar entre mensagens de texto simples e HTML. Isso pode ser feito pressionando o botão SHIFT enquanto clica em responder, responder tudo, encaminhar, etc. ...
Assim, com as conversas do Thunderbird, como Jonathan disse, o padrão seria texto simples, mas pressionando SHIFT enquanto clicava, você acabaria com uma mensagem em HTML. Depois de abrir o compositor desta forma, todos os atalhos devem funcionar e a barra de formatação deve ser mostrada também.
Infelizmente, não consegui reproduzir o que a JJV escreveu; ainda assim, acabo com uma mensagem de texto sem formatação se eu clicar em responder acima da mensagem sem pressionar o botão SHIFT