Apt
mantém o controle do que está marcado como instalado automaticamente e o que está marcado como instalado manualmente. Você pode obter a lista de pacotes instalados manualmente com apt-mark showmanual
.
Tenha em mente que, além das coisas que você instalou manualmente, essa lista incluirá itens que o sistema marcou como instalados manualmente para protegê-los de autoremove
.
Synaptic
tem um bom visualizador gráfico com a pesquisa do log do histórico do apt em Arquivo - > História . O histórico inclui os pacotes que você instalou, as dependências instaladas, os upgrades e os pacotes removidos.
O próprio log do histórico do apt está em /var/log/apt/history.log