Como convenção, os nomes de arquivos que começam com um ponto estão ocultos em muitos contextos, mas não em todos. Isso é feito exatamente para o mesmo propósito que você deseja - ocultar a confusão que não deve ser normalmente visualizada ou editada pelos usuários.
No entanto, adicionar um ponto ao início de um nome de arquivo (ou diretório) altera o nome do arquivo. Não é como o Windows, onde o sistema de arquivos tem um sinalizador "oculto" embutido; no Linux, adicionar o ponto está realmente modificando o nome do arquivo. Quaisquer links existentes que você tenha para esse nome de arquivo, ou diretório, serão quebrados. Se você se referir ao diretório em um script de configuração em algum lugar, esse script precisará ser modificado. Se um aplicativo é codificado para se referir a esse diretório, ele não o encontrará. Se o diretório estiver em seu PATH, o novo diretório não será, a menos que você o adicione novamente.