AFAIK, sem direitos de administrador, você precisará de uma unidade USB especial ou precisará criar algum tipo de arquivo contêiner e usar um aplicativo portátil para fornecer criptografia. Essencialmente, você está criando algo como um arquivo zip criptografado e apenas arrastando e soltando arquivos nele.
O FreeOTFE usa um formato similar. Ele cria um arquivo contêiner criptografado e você usa o explorador FreeOTFE para arrastar e soltar arquivos. Sem privilégios de administrador, não tenho conhecimento de um método para instalar a criptografia sem interrupções On-the-Fly. . .