Depois de pesquisar e experimentar MUCH: a resposta acabou sendo bem simples. Cada extensão (por exemplo, xlsx) está associada a um "tipo de arquivo", neste caso o nome do tipo de arquivo sendo "Excel.Sheet.12", .12 sendo o número da versão do Excel 16. Quando você clica duas vezes ou pressiona enter em um arquivo .xlsx em um gerenciador de arquivos como o Explorer, ele envia uma mensagem DDE para o Excel 16 para realizar uma ação com esse arquivo. As ações são New, Open, Edit, Print, etc. Se houver mais de uma ação atribuída a esse tipo de arquivo, uma delas é geralmente (mas não necessariamente) a ação padrão. Se no Explorer você clicar com o botão direito do mouse no arquivo, o menu de contexto listará as ações possíveis, e o padrão ficará em negrito. Agora, se a ação padrão estiver definida incorretamente para a ação Nova, o Excel criará um novo arquivo baseado nesse (como acontece com um arquivo de modelo) e o nomeará com um "1" extra no nome. Se isso estiver acontecendo com você, observe o menu de contexto do arquivo .xlsx: se o padrão for Novo, selecione a ação Abrir, e seu arquivo será, bem, Abrir.
O motivo pelo qual você ainda pode arrastar e soltar ou usar o File Open no Excel e poder abrir esse arquivo é que, indo diretamente para o Excel, você está ignorando a conversa DDE entre o gerenciador de arquivos e o Excel.
Então, como alterar a ação padrão? É claro que é uma configuração de registro, mas é mais fácil usar o utilitário FileTypesMan da NirSoft para gerenciar os tipos de arquivo ( link ) . Se você não estiver familiarizado com os conceitos, será um pouco confuso, mas, assim que o utilitário estiver em execução, com o Excel fechado, localize a extensão .xlsx, selecione-a e observe o painel inferior. Uma (apenas uma) das ações é o padrão. Clique duas vezes na linha de ação Abrir, marque a pequena caixa Padrão, feche a caixa de diálogo e feche o utilitário. Agora, no seu gerenciador de arquivos, clique duas vezes no arquivo .xlsx desejado. Bingo!