unity --replace
inicia o Unity 3D - efetivamente, você estará executando o Unity-2D e o Unity-3D ao mesmo tempo.
Se você estiver fazendo alterações no arquivo launcher.qml
, faça logout e faça login na sessão do Ubuntu-2D para que suas alterações entrem em vigor.
Se você postar na sua pergunta quais alterações você fez no arquivo launcher.qml
, seria muito útil para outras pessoas que também tornassem o inicializador transparente.