Você precisa da ferramenta gnome-tweak para fazer isso. Em "Windows", você tem a opção de definir o modo de foco da janela para mouse.
Para 14.04 e Unity, a ferramenta certa é unity-tweak-tool
. Encontre o recurso em (nome / seleção = nome /,): Gerenciamento de Janelas, Configurações Adicionais, Levantamento Automático = Desligado, Comportamento de Fixação: Mouse.