Não necessariamente, os vírus geralmente os colocam ligados a um processo falso que ele criou ou a alguns arquivos do sistema. Você deve sempre digitalizá-los apenas no caso, mas eu não acho que seria necessário. Outra coisa a notar é que os arquivos que você traz para o Linux podem nem ser compatíveis para serem abertos. (exe [a menos que você instale vinho, mas mesmo assim o vinho não é perfeito ..], e outros arquivos de instalação da janela)
Então você deve digitalizá-los apenas para estar seguro? Provavelmente .. Não demora muito.