Isso aconteceu comigo também, e o fechamento e a reabertura do TeraTerm esclareceu o problema. Eu não precisei reiniciar o MicroZed.
Eu suspeito que o TeraTerm pode sair de sincronia ou alterar automaticamente a codificação de caracteres na hora. Eu suspeito disso porque eu comecei a sessão se comunicando bem. Eu então cat'd um arquivo binário que imediatamente causou o problema que você está vendo. Uma vez nesse estado, não consegui sair até encerrar o TeraTerm.