Remover linhas vazias de arquivo de entrada com sed pode ser feito assim:
sed -i '/^$/d' input-file
A opção -i informa ao sed para fazer suas modificações diretamente no lugar (sem criar um novo arquivo), ^ é o símbolo para o início da linha , $ é o símbolo para o fim da linha e d ativa o > excluir ação .
Assim, o comando acima diz Corresponde todas as linhas no arquivo de entrada sem nada entre o início e o fim da linha e exclui-as diretamente do arquivo.