VirtualDub vem à mente. Eu uso aquele para girar os 90 graus do vídeo.
Acho que também SUPER pode ser usado para isso.
Editar : Quanto à sua pergunta sobre o tamanho do arquivo ou perda de qualidade. Isso depende totalmente de qual codec você recodificou e com quais parâmetros. Você pode usar gspot para ver a maioria dos parâmetros do arquivo original, e se você especificar tudo igual (exceto para o aspecto proporção do curso) o tamanho do arquivo não deve ser muito diferente e não deve haver perda de qualidade. Se o arquivo de origem é, e. um arquivo mpeg-1, então você pode recodificá-lo para o mpeg-4 e tornar o arquivo muito menor, mantendo a mesma qualidade (tudo depende dos parâmetros do recodificador, é claro).