Dê uma olhada no Autoruns , da Microsoft, para desativar a inicialização do programa.
Se você precisar literalmente impedir que um determinado executável seja executado, talvez seja necessário definir uma Política de Grupo com base no hash do arquivo, para bloquear o arquivo. Mas isso é apenas no Windows 7 Professional e acima, e você pode simplesmente excluir o executável (é muito mais fácil).