Entre usar split / vertical split ou byobu por razões óbvias, uma das coisas com as quais tive problemas foi enviar ^ s ou ^ q para alguns aplicativos (por exemplo, rtorrent) na tela, pois essas teclas de atalho conflitavam com outras que defini (^ q = fecha a janela).
Uma maneira de contornar isso é acertar ^ aq para enviar ^ q para um programa em execução na tela.