Você não precisa reinstalar o sistema operacional quando mudar de CPU.
Se você quiser esse espaço de volta e o Windows se recusar a trabalhar diretamente com ele, basta excluí-lo e recriá-lo. Você deve então poder usá-lo normalmente. Caso contrário, forneça uma captura de tela do Gerenciamento de disco.
Atualizar
Então, agora que eu reescrevi a pergunta, um pouco mais especificamente: Ao atualizar sua motherboard , reinstalar o Windows é de fato encorajado, mas não é mais necessário na maioria dos casos.
O menu de inicialização do Ubuntu está faltando porque o Windows o substituiu quando você o reinstalou. O Ubuntu oferece uma página wiki especificamente para este caso: Recuperando o Ubuntu depois de instalar o Windows . Não vou copiar esta informação porque é provável que mude no futuro.