Se qualquer aplicação realmente usasse 100% da CPU, então não haveria maneira de o sistema operacional ou qualquer outra tarefa interrompê-lo, já que não haveria tempo de CPU para fornecer para o sistema operacional. Você não podia nem mexer o mouse, muito menos parar o jogo ou o benchmark. *
Essas medições de carga da CPU são calculadas de maneira diferente nos sistemas operacionais e, independentemente de você estar usando 99% ou 100%, não importa. Não é como se o sistema operacional não pudesse tirar "vantagem total da CPU" - isso é um equívoco.
* Claro, isso é realmente simplificado, não olhando realmente para os detalhes do agendamento do processo, etc.