Talvez seu editor tenha expandido automaticamente as guias em espaços? Isso poderia facilmente ser responsável por alguns KB extras de tamanho, mesmo que algumas linhas tenham sido excluídas.
Além disso, seu editor pode ter convertido as terminações de linha do Linux CR no estilo do Windows CR+LF .
Se você tiver seus arquivos sob controle de origem, poderá saber facilmente o que aconteceu usando comandos como git diff HEAD~ ou svn diff -r PREV file.php .