Se o software não tiver opções para alterar a freqüência de reinicializações, o único meio seria criar uma tarefa recorrente de um arquivo em lote executando shutdown /a
e esperar que ele seja executado sempre que o exe solicitar uma reinicialização.
Por fim, eu me livraria de um software que não posso controlar. A maioria das pessoas consideraria software que "corrige coisas" e reinicia todos os dias malware.