Existem duas opções aqui. Se o seu programa vem em um arquivo MSI, você pode inseri-los em um DVD de Configuração usando uma ferramenta como nLite ou WAIK (Kit de Instalação (?) Do Windows Automation (?)).
O segundo método é se o seu aplicativo não incluir um MSI é começar com uma instalação limpa e, em seguida, instalar seus programas e fazer as alterações desejadas. Você pode então executar o Sysprep da Microsoft no computador e ele irá empacotar sua instalação em uma imagem que você pode então implantar em vários computadores.
O primeiro leva pouco ou nenhum esforço. O segundo exige muito esforço e tentativa e erro.