Não, não há inconvenientes reais em não utilizar totalmente o disco. Você não está mudando a geometria. As partições podem ser preenchidas mais cedo, mas você não deve se preocupar com o uso do nivelamento, pois o controlador deve lidar com isso em segundo plano.
Portanto, apenas você terá menos espaço aéreo. Você está usando uma partição swap? Você deve colocar isso no final da unidade, será um a menos para mover durante um redimensionamento. Às vezes é mais fácil escolher um número. Se você acabou de fazer EXT2, você pode armazenar imagens de backup das partições nos arquivos dentro?