Eu tive o mesmo problema. Eu encontrei uma correção neste link:
link
Basta editar o arquivo .css do tema que você está usando para que ele corresponda a esses valores:
.icon-grid {
spacing: 36px; /* 36px */
-shell-grid-horizontal-item-size: 118px; /* 118px */
-shell-grid-vertical-item-size: 118px; /* 118px */
}
O arquivo está localizado dentro da pasta .themes, na sua pasta pessoal. No meu caso, é /home/.themes/Nord/gnome-shell/apps.css Para outros temas, o nome do arquivo que você deve editar é gnome-shell.css
Funcionou para mim, espero que ajude.