Definitivamente há maneiras de converter os sistemas de arquivos entre si, mas essa não parece ser a resposta que devo dar à sua pergunta.
Você deseja converter o sistema de arquivos porque acha que isso corrige seu sistema de arquivos. (A propósito, você não especificou qual é o dano.) Eu temo que você esteja errado; isso não. Tentar converter o sistema de arquivos quando ele é danificado definitivamente não é uma boa ideia. Na melhor das hipóteses, o dano permanece. Na pior das hipóteses, o sistema de arquivos é destruído no processo. Há também a possibilidade de a conversão falhar com uma mensagem de erro que diz "O sistema de arquivos está danificado"!