Eu sinceramente sinto muito: posso sentir a dor por ter um servidor não inicializável / inutilizável.
No entanto, estou perdido ao ler isso:
After that it asked me something about removing dependencies and it looked like nothing I could miss so I clicked [Y]
A lista de pacotes a serem removidos certamente foi realmente enorme, já que python
é uma parte essencial do RHEL / CentOS. Você deve nunca confirmar alguma mensagem de aviso que você realmente não entende.
A melhor coisa que você pode fazer, como já sugerido, é inicializar através de uma mídia de recuperação (ie: livecd), extrair os arquivos de dados necessários e reinstalar sua máquina com uma versão mais recente do CentOS (e como o CentOS 6 é bastante antigo , Eu sugiro strongmente que você faça o rebase no CentOS 7).