A partir da sua descrição, você está usando o byobu com o back-end do GNU Screen, no qual "divisões" não são muito bem tratadas.
O backend tmux do Byobu fornece uma muito melhor experiência ao tentar divisões.
Você pode alternar seu back-end executando:
byobu-select-backend
Ou você pode iniciar manualmente com qualquer back-end, usando byobu-tmux
ou byobu-screen
.
Divulgação completa: Eu sou o autor e mantenedor do Byobu.