Infelizmente, "Conectar automaticamente" permite que a VPN conecte-se quando você tenta visitar um serviço que não pode ser acessado, o que significa que não funcionará para manter conexões VPN usadas somente (ou principalmente) para fins de privacidade.
A única maneira que encontrei para manter a VPN ativa é ter uma entrada crontab que seja executada
nmcli con on id YourVPNName
Isso pressupõe que você tenha configurado sua VPN via NetworkManager, o que você provavelmente faz.