O scp deve ter as mesmas opções de linha de comando que o ssh, tente:
-o StrictHostKeyChecking=no -o UserKnownHostsFile=/dev/null
Talvez adicione -q para desativar os avisos também.
Existe alguma chance de pular a checagem de known_hosts sem limpar o known_hosts ou desabilitar no ssh.conf? Eu não tenho acesso a known_hosts nem ssh.conf ainda. Não encontre nada adequado no homem.
Para aqueles de nós que são menos versados em taquigrafia do Linux, a sintaxe completa seria algo como isto:
scp -o StrictHostKeyChecking=no -o UserKnownHostsFile=/dev/null -r $source $user@$host:$destination