Edite /etc/hostname é uma coisa para a qual você precisa de acesso ssh dentro do contêiner. Caso contrário, você pode girar o contêiner com a opção -h .
Para definir os nomes de host e domínio:
$ docker run -h foo.bar.baz -i -t ubuntu bash
root@foo:/# hostname
foo
root@foo:/# hostname -d
bar.baz
root@foo:/# hostname -f
foo.bar.baz