Primeiro de tudo chmod 744 NÃO é o que você quer. O objetivo do chmod é revogar o acesso a outras contas no sistema. Chmod 700 é muito mais seguro que chmod 744 . No entanto, o Apache só precisa do bit de execução para executar seu aplicativo php.
chmod 500 -R /your/webroot/
chown www-data:www-data -R /your/webroot/
www-data é comumente usado como a conta do Apache que é usada para executar o php. Você também pode executar este comando para ver a conta do usuário:
'<?php
print system("whoami");
?>'
O FTP é horrivelmente inseguro e é muito provável que você tenha sido hackeado por esse método. Usando o FTP, você pode tornar os arquivos graváveis e, em seguida, infectá-los novamente. Certifique-se de executar um antivírus em todas as máquinas com acesso FTP. Há vírus que detectam o tráfego local para nomes de usuário e senhas de FTP e, em seguida, fazem login e infectam os arquivos. Se você se preocupa com segurança, você usa o SFTP, que criptografa tudo. Enviar código-fonte e senhas pelo fio em texto não criptografado é uma loucura total.
Outra possibilidade é que você esteja usando uma biblioteca ou aplicativo antigo. Visite o site do fornecedor de software e verifique se você está executando a versão mais recente.