Por padrão, quando você formata um sistema de arquivos com EXT3, 5% da unidade é reservada para root. df considera essa reserva quando relata o que está disponível, enquanto du mostra o que está realmente em uso.
Você pode ver os blocos reservados executando:
tune2fs -l /dev/sda|grep -i reserve
e você terá algo como:
Reserved block count: 412825
Reserved GDT blocks: 1022
Reserved blocks uid: 0 (user root)
Reserved blocks gid: 0 (group root)
Se você quiser ajustar isso para um percentual mais baixo, poderá fazer isso com algo como
tune2fs -m 1 /dev/sda
Você pode reduzi-lo a 0, mas como esse é o seu sistema de arquivos raiz, eu ficaria desconfiado em fazer isso. Se o sistema de arquivos realmente for preenchido, pode ser difícil executar as tarefas de manutenção necessárias para limpá-lo.