Bem, o seu link provavelmente não funciona porque depois de reiniciar sua partição, na qual você tem o seu Windows instalado, é desmontado. No Nautilus (o navegador de arquivos), basta clicar na partição e montá-la automaticamente para você (suponho que você fez isso ao criar o atalho).
Se a sua partição não estiver montada, o atalho não funcionará. Isso significa que você precisaria clicar em sua partição no Nautilus primeiro (para montá-la) e, assim, conseguir seguir seu atalho.