O modo como eu o vejo Compiz é apenas um gerenciador do Windows, portanto não interage com seus aplicativos em execução, além de fornecer uma estrutura gráfica na qual executá-los, pois é um gerenciador de janelas.
Eu sei que não é a fonte mais confiável, mas citando Gerenciamento de janelas da Wikipédia :
Um gerenciador de janelas é um software do sistema que controla o posicionamento e a aparência de janelas dentro de um sistema de janelas em uma interface gráfica do usuário.
E mais importante:
Os elementos geralmente associados aos gerenciadores de janela permitem que o usuário abra, feche, minimize, maximize, mova, redimensione e mantenha o controle de janelas em execução, incluindo decoradores de janelas.
Esta última frase explica que as opções que você tem com os gerenciadores do Windows rodando são para fechar, minimizar etc. A maneira que eu vejo, reiniciando o Compiz você não vai dizer aos seus aplicativos atuais para fazer nada, você não os deu um comando específico, clicando em qualquer um dos ícones do gerenciador de janelas, para que os aplicativos não tenham motivos para agir de forma diferente do que se você tivesse deixado o PC por alguns segundos. Você só vai tê-los ocioso até que eles sejam colocados de volta em um gerenciador de janelas (Compiz no seu caso).
Então, sim, é seguro matar e reiniciar o compiz