Aqui está outro cenário que causaria o problema
chris@chris-desktop:~$ sudo cp Downloads/Ankit.pdf Desktop/Ankit.pdf
[sudo] password for chris:
chris@chris-desktop:~$ ls -l Desktop/Ankit.pdf
-rw-r--r-- 1 root root 19769 Jan 11 05:52 Desktop/Ankit.pdf
chris@chris-desktop:~$ cp Downloads/Ankit.pdf Desktop/Ankit.pdf
cp: cannot create regular file 'Desktop/Ankit.pdf': Permission denied
Neste caso, eu já criei um arquivo no diretório de destino com o sudo para que fosse de propriedade do root. O arquivo não pode ser sobrescrito por um comando cp normal como usuário e resulta em um erro 'Permiision denied'.