Este link tem instruções sobre como remover manualmente uma versão do PHP do IIS no Windows 7. Eu acho que as instruções para o Windows Server 2008 seriam semelhantes. Parece estar instruindo você a editar o arquivo applicationHost.config e excluir a pasta.
Do link:
Abra o arquivo% userprofile% \ documents \ iisexpress \ config \ applicationhost.config e:
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Localize a seguinte entrada (ou entrada similar) no arquivo applicationhost.config e comente-a ou exclua-a.
<application fullPath="C:\Program Files\iis express\PHP\v5.2\php-cgi.exe" monitorChangesTo="php.ini" activityTimeout="600" requestTimeout="600" instanceMaxRequests="10000"> <environmentVariables> <environmentVariable name="PHP_FCGI_MAX_REQUESTS" value="10000" /> <environmentVariable name="PHPRC" value="C:\Program Files\iis express\PHP\v5.2" /> </environmentVariables> </application>
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Localize a seguinte entrada na seção hanlders e comente-a também ou exclua.
<add name="PHP52_via_FastCGI" path="*.php" verb="GET,HEAD,POST" modules="FastCgiModule" scriptProcessor="C:\Program Files (x86)\iis express\PHP\v5.2\php-cgi.exe" resourceType="Either" />
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Por padrão, o Web Platform Installer instala o PHP em% programfiles% \ iis express \ php. então abra a pasta% programfiles% \ iis express \ php \ e delete a pasta da versão do php que você não precisa mais (não se esqueça de remover as entradas relevantes do applicationhost.config como mencionado nas etapas 1 e 2 acima)