A principal força motriz por trás da existência dessa convenção de nomenclatura de diretório é para facilitar o gerenciamento de pacotes de arquivos de configuração. Seja seu rpm, deb ou qualquer outro, é muito mais fácil (e provavelmente mais seguro) ser capaz de soltar um arquivo em um diretório para que ele seja automaticamente incluído na configuração de um programa ao invés de tentar editar um arquivo de configuração global.
Um bom exemplo disso é logrotate. No diretório /etc/logrotate.d estão os arquivos de configuração para praticamente todos os aplicativos que você instalou e que mantêm um log in / var / log . Alguns são agrupados na configuração do syslog porque quase todos os sistemas possuem um arquivo de mensagens, wtmp e lastlog. Mas se você instalar o Apache no seu sistema, você precisa de uma maneira fácil de adicionar automaticamente a configuração para girar os logs do Apache, então ele simplesmente libera um arquivo de configuração chamado httpd em /etc/logrotate.d e o logrotate é configurado para incluir os arquivos nesse diretório. Cada um é de propriedade do pacote para o daemon e, se você remover o pacote, ele removerá o arquivo. É basicamente uma maneira de modularizar arquivos de configuração. Note que isso precisa ser suportado pelo programa, não é algo automático que o sistema faça por você ou algo assim. Geralmente os programas que fazem isso têm uma diretiva de configuração chamada include que especifica onde esse diretório está localizado no sistema de arquivos.
logrotate.d pode até ser o primeiro local em que essa convenção foi usada fora dos diretórios init.d e rc.d para o init scripts.