O comando scp -r source user@target:dest irá percorrer todos os subdiretórios source e copiá-los.
No entanto, scp se comporta como cp e sempre copia arquivos, mesmo que seja o mesmo na origem e no destino. [Veja aqui por um período solução alternativa.]
Como este é um site estático, é provável que você esteja apenas fazendo atualizações, não recriando tudo, então provavelmente você achará que as coisas avançam mais rápido se você usar rsync over ssh em vez de scp . Provavelmente algo como
rsync -av -e ssh source user@target:dest
... para começar. Se você estiver fazendo isso através de uma LAN, eu pessoalmente utilizaria as opções -avW em vez de rsync .
O rsync também oferece a capacidade de duplicar exclusões na sua origem; Portanto, se você remover um arquivo da sua árvore, poderá executar rsync como acima e incluir o sinalizador --delete e ele removerá o mesmo arquivo do lado do destino.