Você não obtém a impressão digital do arquivo de chave privada, mas do arquivo de chave pública.
Na verdade, o ssh-keygen já lhe disse isso:
./query.pem is not a public key file.
Execute a metade da chave pública e isso deve funcionar.
Mais em termos gerais
Pense nisso: a razão pela qual a impressão digital existe é que você pode identificar a chave pública. De fato, obter um hash da chave privada é um possível problema de segurança, além de ser inútil para o servidor (que nem sequer possui a chave privada em questão).
Depois de ter a chave pública, o processo é verificar se o cliente tem uma retenção na metade privada correspondente. Como você já sabe quais chaves está tentando verificar, não precisa da impressão digital.