Não há equivalente.
Debian / Ubuntu butcher a configuração do apache em um grande número de arquivos, onde diretórios de mods e sites ativados são ligados simbolicamente a outros trechos de arquivos de configuração. Os scripts a2enmod / a2ensite apenas manipulam esses links simbólicos.
debian$ ls /etc/apache2/mods-enabled
lrwxrwxrwx 1 root root 28 2009-03-12 18:02 alias.conf -> ../mods-available/alias.conf
lrwxrwxrwx 1 root root 28 2009-03-12 18:02 alias.load -> ../mods-available/alias.load
lrwxrwxrwx 1 root root 33 2009-03-12 18:02 auth_basic.load -> ../mods-available/auth_basic.load
lrwxrwxrwx 1 root root 33 2009-03-12 18:02 authn_file.load -> ../mods-available/authn_file.load
lrwxrwxrwx 1 root root 36 2009-03-12 18:02 authz_default.load -> ../mods-available/autoindex.load
lrwxrwxrwx 1 root root 26 2009-03-12 18:02 env.load -> ../mods-available/env.load
lrwxrwxrwx 1 root root 27 2009-03-12 18:02 mime.conf -> ../mods-available/mime.conf
lrwxrwxrwx 1 root root 27 2009-03-12 18:02 mime.load -> ../mods-available/mime.load
lrwxrwxrwx 1 root root 34 2009-03-12 18:02 negotiation.conf -> ../mods-available/negotiation.conf
lrwxrwxrwx 1 root root 34 2009-03-12 18:02 negotiation.load -> ../mods-available/negotiation.load
lrwxrwxrwx 1 root root 27 2009-06-16 21:47 php5.conf -> ../mods-available/php5.conf
lrwxrwxrwx 1 root root 27 2009-06-16 21:47 php5.load -> ../mods-available/php5.load
Em sistemas redhat, a configuração do apache é, por padrão, mantida em um arquivo /etc/httpd/conf/httpd.conf. Todos os módulos são carregados a partir desse arquivo e podem ser desativados comentando a instrução LoadModule apropriada.
...
LoadModule authz_default_module modules/mod_authz_default.so
LoadModule ldap_module modules/mod_ldap.so
LoadModule authnz_ldap_module modules/mod_authnz_ldap.so
LoadModule include_module modules/mod_include.so
LoadModule log_config_module modules/mod_log_config.so
LoadModule logio_module modules/mod_logio.so
LoadModule env_module modules/mod_env.so
LoadModule mime_module modules/mod_mime.so
LoadModule dav_module modules/mod_dav.so
...
O que o RedHat / CentOS está fazendo é dar a você uma configuração bem simples, enquanto o Debian está adicionando suas próprias "melhorias". Você poderia, é claro, usar o sistema de configuração split da Debian como modelo para criar o seu próprio e copiar os scripts. No entanto, o argumento principal para a configuração do Debian é para que os pacotes do módulo apache possam instalar seus próprios arquivos de configuração, então sem isso é muito menos útil
Edit: Se você está procurando por uma maneira equivalente de criar scripts, sugiro que use o diretório /etc/httpd/conf.d, todos os arquivos de configuração aqui incluídos serão incluídos. Dependendo de quão complicado o script é, pode fazer sentido escrever diretamente arquivos de linha em conf.d, ou usar links simbólicos para bits mais complicados.