A versão mais recente, como pode ser vista no site oficial , é a 7.6. Para atualizar você só precisa extrair a nova versão sobre o diretório antigo.
Uma maneira melhor de instalar e atualizar o freefilesync seria usar o ppa oficial. Desta forma, você sempre tem uma versão que é compatível com sua versão atual do Ubuntu.
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O processo para instalar o ppa é padrão e descrito no site que eu vinculei.
Em novembro de 2015, o ppa está atualizado, novamente.