Eu recomendaria reformatar um linux fs se você puder. Como mencionado, o FAT tem limites de tamanho de arquivo relativamente baixos e pode não aceitar permissões e propriedade corretamente. Mais importante, o FAT não rastreia tempos de modificação em arquivos com a mesma precisão, digamos ext3 (o FAT é preciso apenas em uma janela de 2 segundos). Isso leva a um comportamento particularmente desagradável com o rsync, pois às vezes ele decide que os arquivos originais são mais novos ou mais antigos que o arquivo de backup, o suficiente para copiar os dados novamente ou, pelo menos, verificar novamente os hashes. Tudo somado, faz um desempenho muito ruim em backups. Se você precisar ficar com o FAT, consulte os sinalizadores --size-only e --modify-window do rsync como soluções alternativas.