A melhor ferramenta para usar é provavelmente o dump, que é uma ferramenta padrão do Linux e lhe dará todo o sistema de arquivos. Eu faria algo assim:
/sbin/dump -0uan -f - / | gzip -2 | ssh -c blowfish [email protected] dd of=/backup/server-full-backup-'date '+%d-%B-%Y''.dump.gz
Isto irá fazer um dump do sistema de arquivos de / (certifique-se de que você não precisa descarregar quaisquer outras montagens!), compactá-lo com gzip e ssh para um servidor remoto (backupserver.example.com), armazenando-o em /cópia de segurança/. Se depois você precisar navegar pelo backup, use restore:
restore -i
Outra opção, se você não tem acesso ao dump, é usar o tar e fazer algo como
tar -zcvpf /backup/full-backup-'date '+%d-%B-%Y''.tar.gz --directory / --exclude=mnt --exclude=proc --exclude=tmp .
Mas o tar também não manipula alterações no sistema de arquivos.