Sim, a string típica de definição de configuração com limitação de taxa é semelhante a:
limit_req_zone $binary_remote_addr zone=zone:16m rate=1r/s;
em que $ binary_remote_addr é a chave exclusiva para o limitador. Você deve tentar alterá-lo para $ http_x_forwarded_for variable, que recebe o valor do cabeçalho X-Forwarded-For. Embora isso aumente o consumo de memória, porque $ binary_remote_addr está usando o formato binário compactado para armazenar endereços IP e $ http_x_forwarded_for não é.
limit_req_zone $http_x_forwarded_for zone=zone:16m rate=1r/s;