Estamos apenas tentando trazer nossos Macs para o outro lado. Meu plano original era usar o agente Mac do Backup Exec. Então eu descobri que o agente não suporta 10,9, ou mesmo 10,8. Então, se você está mantendo o sistema operacional atualizado, está tudo fora. Eu ouvi as lendas dizerem que o próximo SP vai acelerar, mas eu não estou prendendo a respiração.
Já se passaram alguns anos, mas o Retrospect costumava ser o padrão ouro (e único) para o backup do Mac. Instale o agente e você pode definir um cronograma para que os Macs façam backup uma vez conectados à rede. Eu não tenho experiência recente com isso, embora tenha funcionado via VPN muitas luas atrás. Em seguida, você deseja salvar os conjuntos de backup no armazenamento que você deve varrer para o ambiente de backup existente.
Se você tiver um Mac Mini com o OS X Server, poderá redirecionar o Time Machine nos laptops para a rede e depois varrer essa conexão com outra ferramenta de backup em disco. Eu não sei se há alguma granularidade no Time Machine, no entanto - eu acredito que ele pega todo o disco, ou nada.
Eu sei que você mencionou que a nuvem pode não ser uma opção, mas se isso é por causa das VMs (que agora estão fora do escopo?), então talvez isso torne suas opções CrashPlan / BackBlaze / Carbonite mais palatáveis.
Se quiser trazer as VMs no escopo, você poderá instalar um agente baseado no Windows na VM e tratá-lo como faria com qualquer outra coisa.