Sim, depende do uso e do sistema de armazenamento subjacente. Alguns sistemas, como matrizes de disco baseadas em SAN de ponta, riem da fragmentação de arquivos, fazendo com que o único impacto de fragmentação do sistema seja a sobrecarga do sistema operacional dispersando as coisas de um lado para o outro. Outros sistemas, como laptops, drives são outra história juntos. E isso não entra em sistemas de arquivos mais novos, como o ZFS, em que o conceito de um limite rígido para o espaço é, na melhor das hipóteses, nebuloso.
O NTFS é sua própria fera, é claro. Hoje em dia eu dou a C: \ um tamanho total de 15GB para sistemas XP, e não joguei com o Vista / Win7 o suficiente para saber o que recomendar lá. Você realmente não quer ficar muito abaixo de um GB livre no C :. Usar Cópias de Sombra significa que você deve manter mais espaço "vazio" do que o contrário, e eu diria que 20% de espaço livre é o marcador para quando mais precisa ser adicionado ou uma limpeza precisa acontecer.
Para volumes de dados NTFS antigos, fico preocupado quando fica abaixo de 15%. No entanto, se a unidade for uma unidade de 1 TB, 15% ainda é muito espaço para trabalhar e alocar novos arquivos (sendo que o intervalo é muito mais demorada para desfragmentar).