O rsync 2.x cria uma lista completa de arquivos na frente.
Adicione a opção -P
e você verá um indicador de progresso.
Se você acha que está realmente travando, em outro terminal encontre o pid do rsync e então
-
Execute
strace -p PID
e veja o que está fazendo. (Pressione ^ C para parar.) -
Execute
ps -o wchan PID
para ver onde está no kernel.