As instâncias devem registrar seus nomes DNS em seus servidores DNS via DDNS quando eles são iniciados (como CNAMEs para o FQDN público atribuído pela AWS); Dessa forma, você pode se referir a eles por um nome bem conhecido e obter o endereço mais adequado (interno ou externo), independentemente de onde você esteja. O Route53 provavelmente tem esse tipo de mágica embutida, mas prefiro soluções independentes de provedor sempre que possível.