How do other organizations deal with this?
Eu faço mais ou menos o que você está fazendo. Manter os instantâneos por alguns dias por um motivo específico não é ruim. Você só precisa se certificar de não esquecê-los e deixá-los "apodrecer" por mais tempo do que o necessário. Eu tenho meu sistema de monitoramento configurado para me alertar se os instantâneos ficam por mais de três dias.
Is there a way to "backup" the snapshots?
Não faça backup dos instantâneos em si, mas é melhor do que isso - use um produto como o Veeam para fazer backup de suas imagens de VM regularmente.