O que o faz sentir como PaaS é que o principal ponto de venda é o sistema de implementação de aplicativos que pega seu código e o copia para todos os servidores de aplicativos em seu cluster.
Uma das reclamações que algumas pessoas têm sobre a PaaS é que o fornecedor de PaaS toma decisões sobre o ambiente de aplicativos. Isso me parece a proposição de valor do PaaS: como cliente, você se concentra na funcionalidade do aplicativo e deixa todos os outros detalhes para o fornecedor de PaaS. Você está pagando por outra pessoa para gerenciar a infraestrutura e fornecer administração do sistema. Para essa simplicidade, você está pagando um prêmio, como no caso do Heroku, que também está executando sua infraestrutura no ec2, apenas de uma maneira transparente para você.
A Amazon está realmente oferecendo o Elastic Beanstalk no topo do Ec2 e suas APIs REST, e não está fazendo muito esforço para esconder isso de você. Isso ocorre porque eles estão ganhando dinheiro através de IaaS, e o EB está apenas orquestrando a configuração de um grupo de recursos ec2 que você pode configurar, considerando o tempo e o conhecimento.
Agora, em termos das especificidades de uma AMI, novamente as AMI's são uma das muitas peças ec2 que são empregadas para facilitar o EB. Não há nada de mágico em um EB AMI - é apenas um linux da Amazon e pré-configurado para funcionar com o EB. Como qualquer outra AMI, você pode iniciá-la no EC2, ajustá-la e derivar uma nova AMI personalizada a partir da sua instância em execução. O Amazon Linux é basicamente um cruzamento entre o Centos e o Fedora, com patches de paravirtualização e pré-configurados yum repos mantidos pela Amazon.
Como você provavelmente sabe, o Amazon linux já está configurado para instalar os patches de segurança no momento da inicialização. No entanto, as instâncias em execução não são diferentes de qualquer outro servidor em relação à correção. Patching pode interromper o serviço. Se você está extremamente preocupado com o patch de segurança, você sempre pode usar um comando container e um cron de instalação para rodar yum update --security em alguma periodicidade.
Você também pode utilizar a API do EB para alterar a configuração do EB ou automatizar a criação de um novo ambiente do EB, em seguida, pode alternar para ele quando estiver pronto e pronto, seguido do encerramento do antigo. Isso é descrito aqui: link
Assim como o restante da AWS, existe uma maneira de acessar e controlar programaticamente todos os recursos não SaaS, portanto não há nada que impeça você de criar AMIs corrigidas, que são usadas para criar novos ambientes EB e implementá-las. O EB não vai forçar detalhes específicos sobre você, nem está fornecendo um grupo de administração do sistema para manter a infraestrutura.