Não há nada realmente especial em ter um longo tempo de atividade. Geralmente é melhor ter um sistema seguro. Todos os sistemas precisam de atualizações em algum momento. Você provavelmente já está aplicando atualizações, você agendar interrupções quando você aplica essas atualizações? Você provavelmente deve apenas no caso de algo der errado. Uma reinicialização não deve muito tempo assim.
Se o seu sistema é tão sensível a interrupções, você provavelmente deve estar pensando em algum tipo de configuração de clustering para que você atualize um único membro do cluster sem derrubar tudo.
Se você não tem certeza sobre uma atualização em particular, é mais seguro agendar uma reinicialização e aplicá-la (preferencialmente depois de testá-la em outro sistema similar).
Se você estiver interessado em saber se a atualização é importante, leia atentamente o aviso de segurança e siga os links para o CVE ou as postagens / listas / blogs descrevendo o problema. Isso deve ajudá-lo a decidir se a atualização se aplica diretamente ao seu caso.
Mesmo que você não ache que isso se aplica, você deve considerar atualizar o seu sistema eventualmente. Segurança é uma abordagem em camadas. Você deve assumir em algum momento que as outras camadas podem falhar. Além disso, você pode esquecer que tem um sistema vulnerável porque você ignorou uma atualização quando alterou a configuração em algum momento posterior.
De qualquer forma, se você quiser ignorar ou esperar por algum tempo em atualizações em sistemas baseados em Debian, você pode colocar o pacote em espera. Eu pessoalmente gosto de colocar em espera todos os pacotes do kernel apenas no caso.
Método CLI para fixar um pacote em sistemas baseados em Debian.
dpkg --get-selections | grep 'linux-image' | sed -e 's/install/hold/' | sudo dpkg --set-selections