Acabei de me deparar com este problema e, embora não responda ao seu caso específico, pode muito bem ajudar outras pessoas a pesquisar o mesmo problema que esta questão, que é muito alta nos resultados.
Eu salvei um arquivo em /etc/cron.d e ele estava sendo ignorado. No meu caso, foi porque eu dei uma extensão aos arquivos.
mytask.cron
não funcionou, mas eu renomei para mytask
e funcionou bem.
Todos os arquivos com extensões são ignorados, portanto, certifique-se de que o arquivo que você salvou não tenha nenhuma extensão.