Como documentado aqui, você simplesmente executa /sbin/init
como o comando, como qualquer outro UNIX que inicializa do modo de usuário único para o modo multiusuário.
Os contêineres podem ser sistemas operacionais completos, eles simplesmente não precisam ser (nem as VMs, é mais complicado configurar e gerenciar).
Eu diria que o objetivo do Docker é facilitar os contêineres de aplicativos, para que você tenha que configurar um aplicativo, não o sistema operacional inteiro.