Pessoalmente, acho que seria melhor ficar com os comandos específicos do Ubuntu, pg_lsclusters, pg_dropcluster e pg_createcluster. Essas funções de wrapper tratam de todas as partes de layout do sistema de arquivos e chamam o initdb onde necessário. Não é que você não possa usar os comandos diretos, mas eu vi muitas pessoas entrarem em problemas onde elas contornaram partes da configuração regular do ubuntu / debian e depois tiveram problemas quando certas suposições não foram atendidas. Você tem uma solução de embalagem, aproveite-a.